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几乎所有希腊的城邦参加了这场战争，其战场几乎涉及了整个当时希腊语世界。在现代研究中也有人称这场战争为“古代世界大战”。战争第一阶段（公元前431年－前421年），雅典在伯里克利的领导之下，凭借强大的海军，采取陆地上防御在海上进攻的策略。而斯巴达在阿基达摩斯二世的领导之下，凭借它令人畏惧的战士，于公元前425年洗劫了阿提卡。两个强邦侧重点不同的军事力量导致了战争第一阶段的僵持局面。
伯里克利的继任者克里昂继续推行雅典的帝国主义政策。公元前424年，他率军在斯法特克里亚岛附近的海战中取得了对斯巴达的重大胜利，但由于他提出了过分的要求，丧失了达成和平协定的机会。克里昂于公元前422年在安菲波利斯阵亡之后，和平谈判才变得可能。
雅典的主和派在尼西阿斯的领导下掌握的权力，并且于公元前421年与斯巴达签订了《尼西阿斯和约》。根据该合约，双方恢复了战前的疆界。不过，双方的盟邦仍然冲突不断。
公元前420年，由亚西比德领导的主战派在雅典取得了权力，并且和斯巴达的宿敌阿哥斯结盟。但阿哥斯仍于公元前418年被斯巴达击败。
公元前415年，战争进入了一个新的阶段，冲突的舞台移到了西西里。但是到了公元前413年，战事又回到了阿提卡。斯巴达与波斯结盟后，在波斯大批黄金的资助下，斯巴达开始建立自己的舰队，雅典的处境变得危险起来。
虽然亚西比德于公元前411年在阿比多斯，继而于公元前410年在库奇克斯两次击败了斯巴达人和波斯人。但是公元前407年雅典海军在诺提乌姆的战败表明，强大的雅典在军事上和财政上已经枯竭了。
公元前405年，在羊河之役中，强大的雅典海军惨败。斯巴达的海军司令莱山德成功地封锁了雅典，并迫使其投降。霸权均势被改变了，斯巴达此刻成为了希腊世界的霸主。
这场战争不但对古代希腊而且对历史学本身有重要的意义。
它本身是第一次科学地、历史学地被记录下来的史实：希腊历史学家修昔底德在他的《伯罗奔尼撒战争史》中详细地记录了当时的事件。这个纪录到前411年冬中止，修昔底德分析了这场战争的原因和背景，他的分析对欧洲的历史学是有先驱作用的。
修昔底德之后，色诺芬在他的《希腊史》（Hellenica）中继续了修昔底德的工作，记录了前411年后的事件。
值得注意的是古希腊人并不称这场战争为伯罗奔尼撒战争，这个名称是后来的人起的。修昔底德本人称之为伯罗奔尼撒人与雅典人之间的战争。
“雅典的修昔底德纪录了伯罗奔尼撒人与雅典人之间的战争。他在战争爆发时开始了他的纪录，他当时想到这场战争可能是非常重要的，可能比此前的战争都有历史意义。他这样想因为战争双方使用了它们所有的手段，而其它的希腊城市也不可避免的参加了这场战争。这场战争深刻地影响了希腊和一部分野蛮人，可以说这场战争影响了整个人类社会。”

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